企圖引起魔法側和科學側之間的戰爭，魔法師雪莉．克倫威爾出現在上条當麻面前。究竟，她意圖引起戰爭的目的是什麼呢‥‥‥？而身為神祕的虛數學區‧五行機關的關鍵的風斬冰華，其真面目出乎意料地竟然是‥‥‥？〈風斬冰華篇〉就此完結!!

這裡是令所有學園都市女學生們，稱羨不已的貴族女校常盤台中學。想當然爾，這裡的學生都是「千金大小姐」。「千金大小姐」之一御坂美琴上完了體育課，來到浴室沖澡。這時，隔壁傳來了少女的說話聲。白井黑子。身為維護學園都市治安的「風紀委員」，同時也是擁有空間移動能力的等級4大能力少女。她邀約美琴放學後一同逛街購物。──就這樣，黑子的漫長一日開始了。在這漫長的一日中，黑子輕輕揭開了姊姊御坂美琴的神秘面紗……當「姊姊」與「那位先生」交會之際，白井黑子的故事就此展開!?

這裡是令所有學園都市女學生們，稱羨不已的貴族女校常盤台中學。想當然爾，這裡的學生都是「千金大小姐」。「千金大小姐」之一御坂美琴上完了體育課，來到浴室沖澡。這時，隔壁傳來了少女的說話聲。白井黑子。身為維護學園都市治安的「風紀委員」，同時也是擁有空間移動能力的等級4大能力少女。她邀約美琴放學後一同逛街購物。──就這樣，黑子的漫長一日開始了。在這漫長的一日中，黑子輕輕揭開了姊姊御坂美琴的神秘面紗……當「姊姊」與「那位先生」交會之際，白井黑子的故事就此展開!?

學園都市的新學期第一天。那是上条當麻的學校出現「神秘轉學生」的日子，是茵蒂克絲頭一次交到「朋友」的日子，是御坂美琴與茵蒂克絲首度面對面的日子，是夾在她們之間的上条當麻依舊不幸的日子，是旁觀事情發展的白井黑子嫉妒上条的日子……然後，也是某個魔法師向學園都市襲擊的日子！在特別警戒宣言下的學園都市，當科學與魔法交會之際，上条當麻的故事就此展開－－！

處理在學園都市暗部所發生事件的「集團」。由最強等級5超能力者一方通行，以及既為魔法師也是能力者的土御門元春等人所構成的這個小組，針對「龍」這個關鍵字開始進行調查。他們相信，這是能打破目前「狗屁倒灶」現狀的唯一手段。另一方面，高層也有人對他們的擅自行動開始感到煩躁。這個人正是擁有學園都市最高權力的統括理事會成員之一。他的強大勢力，開始向「集團」張牙舞爪&hellip繼15集與SS系列後，「學園都市暗部」篇登場！

由於亞維農的侵攻作戰，造成學園都市沒有了治安部隊。成為無法治地帶的此地，黑暗組織在暗中活躍。其中，有為了自己行動的人。愛好黑暗，以嗜殺為樂的人。意圖打碎他人希望的人。為了重要的人而戰的人。向上層挑戰的人。想除掉叛亂份子的人。試圖以暴力阻止失控的人。在科學支配一切的這城市裡，能存活下來的是……當「集團」的等級5超能力者一方通行，與謎樣的組織「學校」相遇，故事就此展開──！

由上条當麻與吹寄制理的日常生活話題為開端，變成了全班的火鍋派對，可是卻讓小萌老師大為困擾!?在倫敦，由魔法師少女們所交織的混亂（？）一天是怎麼回事？墜入學園都市黑暗面的一方通行。等待著他的是什麼？跟放電國中妹長得一模一樣的容貌。她來到學園都市的理由是？補完《魔法禁書目錄》本篇的SS系列登場，收錄4個短篇故事。

由傳說的魔法師所記述，可以召喚天使的驚異魔道書「法之書」，與熟知解讀法的修女一起遭到擄走。對於在學園都市過著懶散日常生活的上条當麻而言，這根本是風馬牛不相及之事－－原本應該如此，但卻「不幸」的因為某些原因，讓他加入了搶救作戰……而且擄人的嫌犯還是「天草式十字淒教」，也就是神裂火織擔任女教皇的宗派……！茵蒂克絲所屬的「英國清教」、這次的委託人「羅馬正教」、以及過去神裂火織曾經君臨的「天草式」。當這三個魔法組織與上条當麻交會之際，故事就此展開－－！

某個夏日黃昏，在補習回來的路上，投銅板買果汁卻被自動販賣機吃錢的上条當麻又開始感慨自己的不幸，但這時他卻被「放電國中妹」御坂美琴給叫住。然而更讓上条驚訝的是，美琴居然還有一個長相一模一樣的妹妹！這三個人的相遇，卻也揭開了一件由超能力者所引發的殺戮慘劇事件序幕…

俄羅斯宣布發動第三次世界大戰。學園都市與俄羅斯的衝突，化為將全世界捲入的龐大規模。在此背景下則有「神之右席」的最後一人，右方之火在行使政治操作。在世界大戰的戰火中，依然有人在四處奔走。包括學園都市的高中生上条當麻，最強的超能力者一方通行，以及前暗部組織「道具」的跑腿濱面仕上。他們三人各懷不同的想法，奔向局勢緊繃的俄羅斯！在那裡等待他們的是&hellip